ビームゾーンは作成した順番で表示されますが、作成後に並べ替えることができます。View -> Beam Zone Organiser を開きます。
ビームゾーンの一覧と、それぞれが接続されているレーザーが表示されます。ゾーンをドラッグ＆ドロップして希望の順番に並べ替えるか、Autosort by laser をクリックして、所属するレーザーごとに連続するよう自動で並べ替えます。